Diverse classificazioni degli animali, così come quella degli altri regni, sono state proposte nel corso degli anni. Le prime classificazioni si basavano su caratteristiche morfologiche, prendendo in considerazione, a seconda dell'autore un numero più o meno grande di caratteri. Successivamente si è passati a raggruppare gli organismi considerando anche il loro sviluppo embrionale. Negli ultimi anni, così come avviene per gli altri regni, si cerca una classificazione basata su studi di genetica molecolare, in base al principio che determinati geni si conservano pressoché uguali nei vari raggruppamenti e il numero di variazioni nelle basi del Dna può essere correlato col tempo trascorso dall'allontanamento da un antenato comune (Orologio Molecolare).
Cronologicamente si fanno risalire ad Aristotele le prime osservazioni tassonomiche, raccolte nei vari scritti scientifici come "Ricerche sugli animali", "Le parti degli animali" e "Sulla generazione degli animali". Sebbene venga spesso considerato il padre fondatore della Zoologia moderna, Aristotele non propose mai un sistema tassonomico esaustivo e scientifico. I suoi studi erano per lo più annotazioni di carattere ora scientifico, ora fisiologico ora etologico, senza applicare in nessun caso un mero progetto tassonomico teorico.
Dalle sue notazioni emerge comunque una primitiva suddivisione del regno Animale affine per certi aspetti a quella moderna. Aristotele suddivideva gli animali in due primi gruppi, gli Enaima (Animali con sangue) ed Anaima (Animali senza sangue). Al primo gruppo appartenevano l'Uomo, i Quadrupedi, i Cetacei, i Pesci e gli Uccelli. Al secondo appartenevano la maggior parte dei Crostacei decapodi, dei Molluschi e quelli che Aristotele definiva Entoma, vale a dire un insieme più o meno confuso degli attuali Insetti, Miriapodi, Aracnidi, Anellidi e Vermi parassiti. Il criterio di classificazione che Aristotele adottò per gli Entoma fu la suddivisione del corpo degli animali in più segmenti ben individuabili, sulla faccia ventrale, dorsale o entrambe. Se si escludono gli Anellidi e i Vermi parassiti la definizione aristotelica di Entoma si avvicina molto a quella contemporanea degli Artropodi.
Aristotele si interessò, seppure marginalmente, anche dei Vegetali. Le sue intuizioni al riguardo non furono vicine a quelle moderne come invece è stato per gli Animali. Aristotele sosteneva infatti che le Piante si fossero originate a partire da animaletti dalle dimensioni modeste provvisti di un gran numero di zampe che, a causa di una vita sempre più immobile e sedentaria, avrebbero perso le articolazioni finali andando a sostituire le funzioni vitali svolte dalla bocca.
Le teorie zoologiche di Aristotele ricevettero molto successo nel corso del tempo rispetto a quelle botaniche, tant'è che perdurarono per circa duemila anni; soprattutto grazie alle adesioni che i suoi libri ricevettero da parte dei primi scrittori e teologi cristiani, come Origene, S. Agostino e S. Tommaso d'Aquino.
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